SMP NASIONAL DAN SMK YAPENAS KLANGENAN setiap pagi diwajibkan untuk mengikuti kegiatan shalat dhuha dan mengaji sebelum dimulainya Kegiatan Belajar Mengajar (KBM) yang dipimpin oleh ketua Yayasan Bapak Nana Supriyatna S.Pd. M.Pd.

Kegiatan Belajar Mengajar (KBM) dimulai setelah kegiatan mengaji dan sholat dhuha selesai yaitu pada pukul 07.15 hingga pukuol 15.00. dilanjut pada siang hari dengan melaksanakan sholat dhuhur berjamaah dan diakhiri  dengan sholat ashar berjamaah sebelum pulang sekolah.